从类型看，目前为止人体内的胶原蛋白有二十多种，不同类型的胶原蛋白在分子结构及免疫学特征性有所不同，
按组织分类可分为三类：
第一类 间隙胶原Ⅰ—Ⅲ型，主要存在于皮肤和肌腱等组织中，是细胞之间的胶原蛋白，有很强的抗张性，其中Ⅱ型胶原由软骨细胞产生。
第二类 基膜胶原有Ⅳ—Ⅶ型胶腺为基膜胶原，主要存在于脏器当中。
第三类 软骨胶原有Ⅸ—Ⅺ型为软骨中微量胶原与软骨形成有关。
从结构上看，胶原的分子结构独特，在电子显微镜看到三个分子呈现螺旋结构，并有多型性，胶原肽链的氨基酸组成独特，甘氨酸含量1／3，脯氨酸及羟脯氨酸各占10％，其中羟脯氨酸在动物组织中，仅见于胶原，皮肤中的胶原转换率一般比较馒，儿童的皮肤以Ⅲ型为主，到了成年皮肤以Ⅰ型为主，随着年龄增长，交联腱日益增多，胶原纤维亦越紧密与皮肤老化变僵硬相关，因此，皮肤表现松弛。
从胶原的生物学作用看，胶原在细胞外基质中含量最高(皮肤)，刚性及抗张强度最大，是细胞外基质中的骨架结构，另外，细胞外基质中的其他成分可分别与胶原相结合，构成结构和功能的统一体，同时各型胶原与细胞外基质成份结合时有一定的选择性。
按分子量肽
是介于氨基酸和蛋白质的一类物质。根据构成肽链的氨基酸个数成为“几”肽，如两个氨基酸构成的肽叫二肽（如肌肽），三个氨基酸构成的肽叫三肽（如谷胱甘肽），以此类推，四肽、五肽、六肽…等。小肽OCO：二肽、三肽、四肽叫小肽，分子量一般在180～480D。寡肽：氨基酸构成个数小于10个的肽，分子量一般在1000D以下。多肽：分子量大于1000D，小于10000D的肽。蛋白质：分子量大于10000D的肽。
三、优质胶原蛋白的特点
溶解性
胶原蛋白本不易溶于水，粉状的胶原蛋白提取物，经过低温酶降解技术，将分子量结构降低 后，溶水性才会变好，在温水中能帮助其溶解。
味道
纯正的胶原蛋白提取物有股淡淡的腥味，类似于鱼腥和豆粉的味道，添加了调味剂的除外。
颜色
胶原蛋白提取物溶解在水中会出现透明的淡黄色，因为胶原蛋白少数分子与水中的氢分子产生反应，成为氯基酸的一种。
产地
优质的胶原蛋白产地主要在法国、德国、日本、新西兰、加拿大等，2011年日本地震后由于辐射导致了产自日本的胶原蛋白质量受到影响，同时牛、猪等动物中提取的胶原蛋白是没有鱼类提取的胶原蛋白优质。
四、胶原蛋白的结构特点
单个的Ⅰ型胶原分子分子量约285kD，宽14A，长约3000A。由三条多肽链组成。哺乳动物个体中有30种不同的多肽链构成16种不同的胶原，其中最常见的列于表13－3中。
胶原蛋白的氨基酸组成有如下特征：
①甘氨酸几乎占总氨基酸残基的三分之一，即每隔两个其他氨基酸残基(X，Y)即有一个甘氨酸，故其肽链可用(甘－X－Y)n来表示。
②含有较多在其他蛋白质中少见的羧脯氨酸和羧赖氨酸残基，也有较多脯氨酸(pro)和赖氨酸。如脯氨酸(Pro)和4—羟脯氨酸(4—hydroxyproline,Hyp)含量高达15～30%。同时还含有少量3—羟脯氨酸(3hydroxyproline)和5—羟赖氨酸(5—hydroxylysine,Hyl)。羟脯氨酸残基可通过形成分子内氢键稳定胶原蛋白分子。例如，正常胶原在39℃变性，而在缺乏脯氨酸羟化酶条件下合成的胶原在24℃变性成为白明胶(gelatin)。而羟赖氨酸上可结合半乳糖－葡萄糖苷，与特定组织功能相关。如在基底膜胶原(Ⅳ型)中含hyl较多，含糖也较多，可能与基底膜的滤过功能有关。
③胶原中缺乏色氨酸，所以它在营养上为不完全蛋白质。
在胶原纤维中，胶原蛋白分子单位称为原胶原(tropo collagen)。每个原胶原分子由三条α－肽链组成，α－肽链自身为α螺旋结构，三条α－肽链则以平行、右手螺旋形式缠绕成“草绳状”三股螺旋结构。肽链中每三个氨基酸残基中就有一个要经过此三股螺旋中央区，而此处空间十分狭窄，只有甘氨酸适合于此位置，由此可解释其氨基酸组成中每隔两个氨基酸残基出现一个甘氨酸的特点。而且三条α－肽链是交错排列的，因而使三条α－肽链中的Gly、X、Y残基位于同一水平上，借Gly中的N－H基与相邻链X残基上羟基形成牢固的氢键，以稳定其分子结构。
原胶原分子平行排列成束，通过共价交联，可形成稳定的胶原微纤维(microfibvil)，进一步行聚集成束，形成胶原纤维。胶原分子通过分子内或分子间的交联成为不溶性的纤维。因胶原分子氨基酸组成中缺乏半胱氨酸，不可能象角蛋白那样以二硫键相联，而是通过组氨酸与赖氨酸间的共价交联，一般发生在胶原分子的C－或N末端之间。
胶原蛋白最普遍的结构特征是三螺旋结构。其由3条a链多肽组成，每一条胶原链都是左手螺旋构型。3条左手螺旋链叉相互缠绕成右手螺旋结构，即超螺旋结构闭胶原蛋白独特的三重螺旋结构，使其分子结构非常稳定，并且具有低免疫原性和良好的生物相容性等。结构决定性质，性质决定用途，胶原蛋白的结构的多样性和复杂性决定其在许多领域的重要地位。胶原蛋白产品具有良好的应用前景。
人体之所以能够活动自如，就是因为有关节的结构，大部分的关节，不但是提供人体活动之需，并经由软骨保护骨头避免磨损，软骨当中有65%至80%是由水所组成，其它则有醣蛋白、胶原蛋白及软骨细胞，这些提供了软骨健康营养及功能保护。事实上，软骨本身是一多孔结构胶原蛋白，是一条条细长纤维形成的网套，醣蛋白则是具有弹性的球体，水分则填塞其中，这些组成都必须完整，才可使软骨负荷重力，若胶原蛋白变少，会使醣蛋白与胶原蛋白的网套连接松弛，或是醣蛋白内含物减少，会使醣蛋白不再具有弹性，都会导致关节受力时容易变加速磨损，随着患者年龄增长，造成这些材质「自然消失」或「功能退化」，就形成所谓的退化性关节炎。所以银发族、更年期妇女、运动过度者、骨折者或关节容易酸痛者应多补充富含胶原蛋白之食物。
五、胶原蛋白的生物学性质
1、低免疫原性
胶原作为医用生物材料，最重要的特点在于其低免疫原性。胶原有三种类型的抗原分子，第一类是胶原肽链非螺旋的端肽，第二类是胶原的三股螺旋的构象，第三类是a一链螺旋区的氨基酸顺序。其中第二类抗原因子仅存在于天然胶原分子中，第三类只出现在变性胶原中，而第一类抗原因子在天然和变性胶原中均存在。
